Можно ли при поступлении товаров от поставщика автоматически зарегистрировать его цены?

Да, можно. Цены поставщика регистрируются автоматически при проведении документа Поступление товаров и услуг, если в документе установлен флаг Регистрировать цены поставщика. Флаг может быть установлен по умолчанию во всех вновь оформляемых документах, если у менеджера закупок установлена соответствующая настройка.