Можно ли прямо из программы отослать клиенту электронное письмо?

Да, электронное письмо клиенту можно отослать с помощью документа Контакт (тип документа Электронное письмо исходящее). При этом отосланная почта будет зарегистрирована в списке контактов в подсистеме Управление взаимоотношениями с клиентами.