Можно ли в программе с помощью одного платежного поручения зарегистрировать поступление денежных средств от контрагента по различным договорам и заказам?
Да, можно. В платежных документах существует возможность расшифровки платежей в виде табличной части документа. В документе можно указать заказы покупателей, по которым пришла оплата даже в том случае, если они оформлены по разным договорам.