Для этого используется схема отгрузки по ордерам. Менеджер выписывает сводную накладную (документ Реализация товаров и услуг), в которой склады указаны в табличной части, а кладовщики на основании этого документа оформляют несколько документов Расходный ордер на товары, каждый на свой склад. Более подробно о такой схеме можно прочитать в книге "Управление торговлей в вопросах и ответах".