Позволяет ли программа учитывать дополнительные расходы при поступлении товара для анализа прибыльности сделок?

Да, позволяет. Причем, эти дополнительные расходы могут быть как собственными (внутренними), так и внешними (услугами сторонних организаций). Дополнительные расходы могут учитываться в себестоимости товаров и распределяться в соответствии с весом, количеством или суммой товаров. Дополнительные расходы могут оформляться до момента поступления товаров.